Nacido el 14 de Abril de 1833 en Sultepec, hijo del Capitán José Hernández. Ingresó al Colegio Militar el 13 de Septiembre de 1847 y sirvió en la primera compañía bajo el comando del Capitán Domingo Alvarado. El Cadete Hernández peleó contra los invasores americanos en la batalla del Castillo de Chapultepec junto con los soldados que ahora son conocidos como los Niños Héroes. Fue tomado prisionero con el General Mariano Morterde, director del Colegio Militar en esas fechas, y eventualmente fueron puestos en libertad. En 1851 dejó la escuela militar para convertirse en artista de tiempo completo. Su especialidad fueron los retratos y paisajes. Hoy en día, el Colegio Militar muestra los retratos de los Niños Héroes pintados por Santiago Hernández como unas de las pinturas mas importantes de su colección.
Durante la Reforma e Intervención Francesa, Hernández trabajó como caricaturista para los periódicos La Orquesta, El Colmillo y El Ahuizote. También fue profesor de la Academia Nocturna de Filosofía donde fundo varios periódicos como El Perico, EL Palo de Ciego y El Espectro, en los cuales hacía ilustraciones. Durante la dictadura de Porfirio Díaz, fue perseguido insaciablemente por el General Forey por su crítica de los políticos en los medios de comunicación.
Ilustró varios libros como El Libro Rojo (Vicente Riva Palacio), El Episcopado Mexicano, e Historia del Ferrocarril Mexicano. Su legado ha permanecido a través de los años. En su nativo Sultepec, fue honrado al ser abierta una escuela la cual lleva su nombre.
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